La baia di Faxaflói ospita 23 specie di cetacei in una colonna d'acqua di 950 chilometri quadrati alimentata dalla Corrente di Irminger, dove le migrazioni del merluzzo atlantico attirano balenottere minori e megattere entro cinque miglia nautiche dal Porto Vecchio di Reykjavík tutto l'anno.
L'improvviso calo della profondità della baia a 250 metri crea zone di risalita ricche di krill e capelin, rendendo queste acque uno dei terreni di avvistamento balene più affidabili del Nord Atlantico. I pulcinella di mare ritornano ogni aprile per nidificare sulle isole Lundey e Akurey; le loro tane in cima alle scogliere sono visibili dalle barche turistiche che circumnavigano le sporgenze macchiate di guano delle isole durante i mesi di riproduzione.
L'avvistamento commerciale delle balene iniziò qui nel 1991, trasformando il rapporto dell'Islanda con i cetacei dopo la moratoria della Commissione Baleniera Internazionale. La flotta odierna spazia da barche in quercia stabilizzate a imbarcazioni gommate rigide capaci di raggiungere i 35 nodi, tutte in partenza dal molo Geirsgata del Porto Vecchio di Reykjavík. Biologi marini fanno parte dell'equipaggio della maggior parte delle crociere, identificando le singole megattere tramite i motivi delle code catalogati nel North Atlantic Humpback Whale Catalogue. Le balene più frequentemente avvistate includono le balenottere minori, che emergono ogni tre-cinque minuti per nutrirsi, e le megattere che saltano fuori dall'acqua durante le esibizioni di alimentazione competitiva tra giugno e settembre.
Le colonie di pulcinella di mare di Faxaflói raggiungono un picco di 30.000 coppie nidificanti, la cui presenza è sincronizzata con la deposizione delle uova del capelin che inonda le secche ogni primavera. I pulcinella di mare atlantici si immergono fino a 60 metri di profondità, battendo le ali sott'acqua a 400 colpi al minuto per catturare anguille della sabbia e pesci giovani. Gli scaffali basaltici delle isole creano un terreno di nidificazione ottimale e gli operatori delle imbarcazioni mantengono zone di esclusione di 50 metri per evitare disturbi durante la stagione dell'involo. I delfini dal rostro bianco appaiono nel 40 percento delle navigazioni estive, spesso cavalcando le onde di prua in gruppi da otto a quindici individui.
Il tour di avvistamento balene e pulcinella di mare a Reykjavík opera da un quartiere portuale costruito su terreni bonificati nel 1917, dove il Museo Marittimo e il ristorante FiskSúpa segnano l'impronta della vecchia stazione baleniera. La frequenza delle partenze raggiunge il picco tra maggio e agosto, quando la luce del giorno si estende oltre le 23:00 e le condizioni del mare favoriscono le barche RIB più piccole. Le navigazioni invernali si concentrano sulle orche e sui globicefali che seguono le migrazioni delle aringhe nelle trincee più profonde della baia, offrendo un profilo di fauna marina marcatamente diverso rispetto ai mesi estivi ricchi di pulcinella di mare.
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