A Baía de Faxaflói abriga 23 espécies de cetáceos em uma coluna de água de 950 quilômetros quadrados alimentada pela Corrente de Irminger, onde as migrações do bacalhau do Atlântico atraem baleias-anãs e baleias-jubarte a até cinco milhas náuticas do Porto Antigo de Reykjavík durante todo o ano.
A queda repentina de profundidade da baía para 250 metros cria zonas de ressurgência ricas em krill e capelim, tornando estas águas um dos locais de observação de baleias mais confiáveis do Atlântico Norte. Os papagaios-do-mar retornam todo mês de abril para nidificar nas ilhas de Lundey e Akurey, com suas tocas no topo das falésias visíveis a partir dos barcos de turismo que circundam as saliências das ilhas manchadas de guano durante os meses de reprodução.
A observação comercial de baleias começou aqui em 1991, transformando a relação da Islândia com os cetáceos após a moratória da Comissão Baleeira Internacional. A frota atual varia de barcos de carvalho estabilizados a embarcações infláveis rígidas capazes de atingir 35 nós, todas partindo do cais Geirsgata do Porto Antigo de Reykjavík. Biólogos marinhos fazem parte da equipe da maioria dos cruzeiros, identificando baleias-jubarte individuais pelos padrões das nadadeiras caudais catalogados no Catálogo de Baleias-Jubarte do Atlântico Norte. As baleias avistadas com mais frequência incluem as baleias-anãs, que emergem a cada três a cinco minutos para se alimentar, e as jubartes, que saltam durante exibições de alimentação competitiva entre junho e setembro.
As colônias de papagaios-do-mar de Faxaflói atingem o pico de 30.000 pares reprodutores, com sua presença sincronizada com a desova do capelim que inunda os bancos rasos toda primavera. Os papagaios-do-mar do Atlântico mergulham a profundidades de 60 metros, com suas asas batendo debaixo d'água a 400 batidas por minuto para capturar lanções e peixes juvenis. As plataformas de basalto das ilhas criam um terreno de nidificação ideal, e os operadores de barcos mantêm zonas de exclusão de 50 metros para evitar perturbações durante a temporada de nascimento. Os golfinhos-de-bico-branco aparecem em 40 por cento das viagens de verão, muitas vezes surfando na proa em grupos de oito a quinze indivíduos.
O passeio de observação de baleias e papagaios-do-mar em Reykjavík opera a partir de um distrito portuário construído em aterros em 1917, onde o Museu Marítimo e o restaurante FiskSúpa marcam a pegada da antiga estação baleeira. A frequência de partidas atinge o pico entre maio e agosto, quando a luz do dia se estende além das 23:00 e as condições do mar favorecem barcos RIB menores. As viagens de inverno concentram-se em orcas e baleias-piloto que seguem as migrações de arenque para as trincheiras mais profundas da baía, oferecendo um perfil de vida marinha marcadamente diferente dos meses de verão repletos de papagaios-do-mar.
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