La baie de Faxaflói abrite 23 espèces de cétacés dans une colonne d'eau de 950 kilomètres carrés alimentée par le courant d'Irminger, où les migrations de morues de l'Atlantique attirent les petits rorquals et les baleines à bosse à moins de cinq milles marins du vieux port de Reykjavík tout au long de l'année.
La chute soudaine de la profondeur de la baie jusqu'à 250 mètres crée des zones de remontée d'eau riches en krill et en capelans, faisant de ces eaux l'un des lieux d'observation des baleines les plus fiables de l'Atlantique Nord. Les macareux reviennent chaque mois d'avril pour nicher sur les îles de Lundey et Akurey, leurs terriers au sommet des falaises étant visibles depuis les bateaux de visite qui contournent les rebords tachés de guano des îles pendant les mois de reproduction.
L'observation commerciale des baleines a commencé ici en 1991, transformant la relation de l'Islande avec les cétacés après le moratoire de la Commission baleinière internationale. La flotte actuelle varie des bateaux en chêne stabilisés aux navires pneumatiques rigides capables d'atteindre 35 nœuds, tous au départ de la jetée de Geirsgata du vieux port de Reykjavík. Des biologistes marins font partie de la plupart des croisières, identifiant les baleines à bosse individuelles par les motifs de leurs nageoires caudales catalogués dans le catalogue des baleines à bosse de l'Atlantique Nord. Les baleines les plus fréquemment aperçues incluent les petits rorquals, qui font surface toutes les trois à cinq minutes pour se nourrir, et les baleines à bosse qui font des bonds lors des démonstrations de nourrissage compétitif entre juin et septembre.
Les colonies de macareux de Faxaflói atteignent un sommet de 30 000 couples reproducteurs, leur présence étant calée sur la fraye du capelan qui inonde les bancs peu profonds chaque printemps. Les macareux de l'Atlantique plongent jusqu'à 60 mètres de profondeur, leurs ailes battant sous l'eau à 400 coups par minute pour attraper des lançons et des poissons juvéniles. Les plateaux basaltiques des îles créent un terrain de nidification optimal, et les opérateurs de bateaux maintiennent des zones d'exclusion de 50 mètres pour éviter de les déranger pendant la saison d'envol. Les dauphins à bec blanc apparaissent lors de 40 % des sorties estivales, chevauchant souvent l'étrave en groupes de huit à quinze individus.
L'excursion d'observation des baleines et des macareux à Reykjavík opère depuis un quartier portuaire construit sur des terres récupérées en 1917, où le Musée maritime et le restaurant FiskSúpa marquent l'empreinte de l'ancienne station baleinière. La fréquence des départs culmine entre mai et août, lorsque la lumière du jour dépasse 23h00 et que les conditions maritimes favorisent les petits bateaux RIB. Les sorties hivernales se concentrent sur les orques et les globicéphales qui suivent les migrations de harengs dans les tranchées plus profondes de la baie, offrant un profil de faune marine nettement différent de celui des mois d'été riches en macareux.
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